Η κυτταρολογική εξέταση δειγμάτων που προέρχονται από το αναπνευστικό σύστημα αποτελεί συχνά την πρώτη διαγνωστική προσέγγιση σε ασθενείς που παρουσιάζουν συμπτώματα από το αναπνευστικό.
Η διάγνωση μιας νεοπλασματικής εξεργασίας του αναπνευστικού συστήματος μπορεί συχνά να τεθεί με μια απλή κυτταρολογική εξέταση των αποφολιδούμενων κυττάρων.
H παρακέντηση του πνεύμονα αποτελεί μια εναλλακτική διαγνωστική μέθοδο που μπορεί συχνά να υποκαταστήσει την ανοιχτή ή τη διαβρογχική βιοψία.
Τα πτύελα, οι βρογχικές εκπλύσεις και η βρογχική ψήκτρα χρησιμεύουν στη διάγνωση καρκίνου του πνεύμονα ενώ η βογχιολοκυψελιδική έκπλυση χρησιμεύει στη διάγνωση διαμέσων παθήσεων του πνεύμονα.
Οι κυτταρολογικές πτυέλων σε συνδυασμό με την ακτινογραφία θώρακος σε καπνιστές μπορούν να συμβάλουν στην έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονος.