Η αμμωνία παράγεται από εντερικά βακτηρίδια και τα κύτταρα του σώματος κατά τη διάρκεια της πέψης και μεταφέρεται στο ήπαρ, όπου μετατρέπεται σε ουρία και γλουταμίνη. Η ουρία κατόπιν μεταφέρεται στους νεφρούς, όπου εκκρίνεται στα ούρα.
Η περίσσεια της αμμωνίας που μπορεί να συσσωρευθεί στο αίμα, διαπερνά τον αιματοεγκεφαλικό φραγμό. Άλλες πηγές αμμωνίας είναι τα νεφρά και μύς.
Αύξηση των επιπέδων της αμμωνίας μπορεί να έχουμε σε οξεία βρογχίτιδα, στην λήψη ορισμένων φαρμάκων, στην κίρρωση, στην γαστρεντερική αιμορραγία, την καρδιακή ανεπάρκεια, την αιμολυτική νόσο των νεογνών, την λευχαιμία, την ηπατική εγκεφαλοπάθεια, την ηπατική ανεπάρκεια, την περικαρδίτιδα, την νεφρική ανεπάρκεια.
Για την μέτρηση της αμμωνίας, ο εξεταζόμενος πρέπει να είναι νηστικός για 8 ώρες πριν την αιμοληψία και να μην έχει καπνίσει.